اصدرت الامانة العامة بيانا بخصوص انفصال جنوب السودان، واكدت الهيئة أن اقتطاع أي جزء من أجزاء أي وطن ستكون له تداعيات خطيرة، لا يقتصر أثرها على هذا الجزء نفسه، بل يتعداه ليشمل الأجزاء الأخرى، والوضع العام برمته. وفيما ياتي نص البيان: بيان رقم (756)
المتعلق بانفصال جنوب السودان
 
    الحمد لله، والصلاة والسلام على رسول الله، وعلى آله وصحبه ومن والاه. وبعد:
    فقد أعلن قبل يومين عن نتائج الاستفتاء الذي جرى في السودان الشهر الماضي بشأن تقرير حق المصير لمواطني الجنوب السوداني، ووفقاً للنتائج المعلنة فقد اختار غالبية أبناء الجنوب الانفصال عن السودان _للأسف الشديد_ وسيتم الإعلان عن (جنوب السودان) كدولة مستقلة بعد عدة أشهر.
    وبناءً على هذا الواقع الجديد؛ تؤكد هيئة علماء المسلمين أن اقتطاع أي جزء من أجزاء أي وطن ستكون له تداعيات خطيرة، لا يقتصر أثرها على هذا الجزء نفسه، بل يتعداه ليشمل الأجزاء الأخرى، والوضع العام برمته؛ فقد أثبتت الأحداث أن هذه الاقتطاعات والانفصالات لا تشبه غيرها من الحالات الحادثة في البلاد الأخرى، التي ينكفيء فيها أهلها على أنفسهم ويعيدوا بناء ذواتهم ومن ثم يتعاملون مع غيرهم وفق أسس التعامل الإنساني المتعارف عليها في عالم اليوم.
      وبغض النظر عن حاجة من يقطن هذه الأجزاء لتحقيق هويته الثقافية: دينية كانت أو قومية أو إثنية، وهو أمر لا يختلف عليه اثنان؛ فإن هناك من  يدعم هذه الخطط مدفوعا بأهداف أخرى هي بعالم السياسة الذي يموج بالانتهازية أليق، وبغايات المصالح الدولية المشبوهة أوفق. ومن هنا فإنه سيكون لانفصال جنوب السودان تداعياته السلبية على السودان وشعبه بكل مكوناته، وسيشجع هذا الأمر حركات انفصال هنا وهناك لتطل برأسها وتتحين الفرصة المناسبة لنقض وحدة البلاد والذهاب بمقدراتها، وسيكون ما حصل في السودان سابقة ربما تحذو حذوها حركات أخرى مريبة متخذة من هذا الانفصال مثالاً وذريعة.
    وفي كل الأحوال فقد حصل ما حصل واختار أهل الجنوب الانفصال، والنصيحة التي نوجهها لهم بعد ذلك؛ هي أن يجعلوا من هذا الحدث بداية لتجاوز المشكلات، وحل الأزمات، وألا يسمحوا باستغلال أرضهم لتكون منطلقا للمزيد منها، فثمة الكثير من المتربصين الذين يهوون الاصطياد في الماء العكر، ويرون في هذا الحدث فرصة مواتية لأحلامهم المريضة.
    كما ندعو أبناء السودان أن يكونوا أحرص من أي وقت مضى على وحدته، وأن يحلوا الخلافات فيما بينهم بطرق الحوار الأخوي الذي يجمع كلمتهم ويوحد صفوفهم؛ لبناء سودان قوي ومهاب تسوده روح العدالة والتسامح والأمن والرخاء.
الأمانة العامة
  5 ربيع الأول /1432هـ
9/2/2011م