اصدرت الامانة العامة للهيئة بيانا برقم 658 ادانت فيه اقتحام الصهاينة حرم وباحات المسجد الاقصى المبارك وقيام جنود الاحتلال باطلاق نار على فلسطينين هموا بالدفاع عن مسجدهم وباحاته من دنس اليهود الحاقدين. بيان رقم (658) المتعلق باقتحام قوات الأمن الصهيوني ومتشددين المسجد الأقصى
  الحمد لله، والصلاة والسلام على رسول الله، وعلى آله وصحبه ومن والاه.  وبعد:
    فيوما بعد آخر تمتد أيادي الصهاينة الغزاة لتدنس مقدسات المسلمين وتنال من حرمة المسجد الأقصى المبارك أولى القبلتين وثالث الحرمين الشريفين.
  فقد اقتحم جنود الاحتلال الصهيوني  باحات المسجد الأقصى المبارك من جهة بوابة المغاربة لتأمين دخول مجموعة من اليهود المتطرفين إلى المسجد، وأطلقوا الرصاص على عشرات الفلسطينيين الغاضبين الذين سعوا للحيلولة بين هؤلاء وبين تدنيس المسجد الأقصى، فأصابوا برصاصهم الغادر ستة عشر فلسطينيا.
  إن جريمة الاقتحام هذه التي تأتي متزامنة مع ما يسمى بعيد الغفران المزعوم لتدلل على عنصرية الصهاينة وتؤكد نهجهم العدواني  للنيل من مقدسات المسلمين.
    إن هيئة علماء المسلمين إذ تدين هذه الجريمة ومثيلاتها من الجرائم التي ترتكب بحق  المسلمين ومقدساتهم؛ فإنها تدعو الجهات الدولية أن يكون لها موقف وحضور إزاء هذا التصعيد الإجرامي، الذي يضمر في طياته أهدافا خبيثة لتهويد هذه البقعة المقدسة، في خرق سافر لحقوق الإنسان ومواثيق الأمم المتحدة.
                                                  الامانة العامة
                                            8 شوال 1430 هـ
                                            27 / 9 / 2009 م